في ٦ تشرين الأول عام ١٩٩٣ أُعيد رفات الخالدين، الرئيس مصطفى بارزاني و إدريس بارزاني من بلد إيران إلى جنوب كوردستان، وفي شهر أيار ١٩٩٤ اندلعت الحرب الأهلية بين الحزب الديمقراطي الكوردستاني والاتحاد الوطني الكوردستاني التي استمرت أربع سنوات وأدت إلى انقسام إقليم كوردستان بين الطرفين وبعد ذلك في ١٧ أيلول ١٩٩٨ بعد اتفاقية واشنطن انتهت. خلال تلك الفترة تم تشكيل برلمان وحكومة إقليم كوردستان من قبل الحزب وعدد من الأطراف السياسية الأخرى في جنوب كوردستان في أربيل، وفي تلك الفترة أيضاً عاد عدد كبير من النازحين من إيران إلى جنوب كوردستان.
بعد مرور ست سنوات على المؤتمر الحادي عشر، في اجتماع اللجنة المركزية للحزب الديمقراطي الكوردستاني في ١٣ آذار ١٩٩٩ تقرر عقد المؤتمر الثاني عشر للحزب، ولهذا الغرض في ١٤ نيسان ١٩٩٩ في اجتماع آخر للجنة المركزية، كُلف المكتب السياسي للحزب بإنشاء اللجنة العليا للتحضير للمؤتمر وقام المكتب السياسي في اجتماع شهر أيار ١٩٩٩ بتشكيل اللجنة العليا للتحضير للمؤتمر، والتي كانت تتألف من فلك الدين كاكائي -رئيس اللجنة، الدكتور محمد صالح جمعة -نائب رئيس اللجنة، شيخلا إبراهيم، تمر رمضان، نجم الدين يوسفي والمعلم حسن.
بعد تشكيلها، قامت اللجنة العليا للتحضير للمؤتمر بإجراء عملية انتخاب ممثلي المؤتمر، والتي استغرقت واحداً وأربعين يوماً ومن ٤ حزيران ١٩٩٩ حتى ١٥ تموز ١٩٩٩ وفي ٩٦ دائرة انتخابية و ٢٢٦ مركزاً، شارك ١٨٠ ألف ناخب من الحزب وانتخبوا ممثلي المؤتمر.
عقد المؤتمرفي يوم الأربعاء ٦ تشرين الأول ١٩٩٩، عُقد المؤتمر الثاني عشر للحزب الديمقراطي الكوردستاني، في القاعة الصفراء في مدينة أربيل تحت شعار (سلام، حرية، ديمقراطية) بحضور ١٤٧٣ ممثلاً، الذين كان ٨ ٪ منهم نساء. في هذا المؤتمر، وللمرة الرابعة من قبل جميع ممثلي المؤتمر مسعود بارزاني أعيد انتخابه رئيساً للحزب الديمقراطي الكوردستاني وبناءً على اقتراح الرئيس، علي عبد الله أمين أعيد انتخابه نائباً للرئيس. كما وللمرة أخرى، أصبح اسم الحزب من الحزب الديمقراطي الكوردستاني - الموحد كما كان في المؤتمر العاشر إلى الحزب الديمقراطي الكوردستاني. كما اتُخذت مجموعة من القرارات كان أهمها إجراء تغييرات في المؤسسات الحزبية والعسكرية، كما أصبحت اللجنة المركزية من ٣٧ عضواً إلى ٣١ عضواً عاملاً و ٩ عضواً احتياطياً وانتُخب المكتب السياسي بالتصويت السري من ٩ عضواً.
هيكل الحزب الديمقراطي الكوردستاني، استناداً إلى النظام الداخلي للمؤتمر الثاني عشر، كان يتألف من خلية، خلية رئيسية، لجنة تنظيم، لجنة منطقة، لجنة فرع، اللجنة المركزية، المكتب السياسي، سكرتير المكتب السياسي، نائب الرئيس والرئيس، كما تم تعيين هيئة مركزية للتفتيش والمراقبة من قبل اللجنة المركزية وكان يشرف عليها عضو من المكتب السياسي.
أعضاء اللجنة المركزية:
- نيجيرفان بارزاني
- مسرور بارزاني
- فاضل ميراني
- الدكتور روج نوري شاويس
- هوشيار محمود محمد فارس
- سامي عبد الرحمن
- آزاد برواري
- جوهر نامق سالم
- زعيم علي
- شوكت شيخ يزدين
- محمد ملا قادر
- الدكتور كمال كركوكي
- الدكتور جرجيس حسن
- كريم شنكالي
- نوري علي محمد رحمان، المعروف بـ نوري حمه علي
- عارف طيفور
- سعد عبد الله
- فرانسو حريري
- فريدون محمد عبد الرحمن، المعروف بـ فريدون جوانرويي
- صلاح دلو
- رمزي شعبان
- عمر بوتاني
- شيرين آميدي
- جمال عثمان كارصول، المعروف بـ جمال مورتكه
- سرباز نادر علي، المعروف بـ سرباز هورامي
- عمر عثمان ميركصوري
- بروسك نوري شاويس
- سفين محسن حمه أمين، المعروف بـ سفين دزيي
- قادر قادر
- عزالدين برواري
- يونس روجبياني
الأعضاء الاحتياط للجنة المركزية:
- عبد العزيز طيب
- محمود محمد
- مسعود ساليي
- عبد المهيمن بارزاني
- جعفر إبراهيم حاجي، ناسراو به جعفر إيمينكي
- عبد الله آگرين
- دياري حسين
- قادر جباري
- دكتور حسن محمد سوره محمد
في ختام المؤتمر وللمرة الثالثة في تاريخ الحزب الديمقراطي الكوردستاني، تم منح وسام البارزاني الخالد من قبل الرئيس مسعود بارزاني لـ ٣٧ شخصية من قادة وآمري ورفاق البارزاني.
وفي الاجتماع الأول للجنة المركزية، تم انتخاب هيئة المكتب السياسي على النحو التالي:
- نيجيرفان بارزاني
- مسرور بارزاني
- هوشيار زيباري
- جوهر نامق سالم
- فاضل ميراني
- سامي عبد الرحمن
- آزاد برواري
- دكتور روز نوري شاويس
- زعيم علي
- تاريخ الحزب الديمقراطي الكوردستاني، المؤتمرات والمؤتمرات الفرعية (البرنامج والنظام الداخلي)، هيئة موسوعة الحزب الديمقراطي الكوردستاني، المجلد الثاني، (أربيل- مطبعة روكسانا- ٢٠٢١).
- محمد ملا قادر، خبات نامه، تاريخ موجز للحزب والبارزاني الخالد، الطبعة الثالثة، (أربيل- مطبعة آراس- ٢٠١٢).
- امس أختتام الأنتخابات المحلیة للمؤتمر (١٢)، جریدة خهبات، لسان حال الحزب الدیمقراطي الكوردستاني، العدد ٩٣٢، أربیل، الجمعة، ٩ تموز ١٩٩٩م.
- لينجح المؤتمر الثاني عشر للحزب الديمقراطي الكوردستاني، جريدة برايتي، لسان حال الحزب الديمقراطي الكوردستاني، العدد ٢٩٣٩، أربيل، الأربعاء، ٦ تشرين الأول ١٩٩٩م.
- إعادة انتخاب السيد مسعود بارزاني رئيساً للحزب الديمقراطي الكوردستاني بإجماع الأصوات، جريدة برايتي، لسان حال الحزب الديمقراطي الكوردستاني، العدد ٢٩٤٧، أربيل، الخميس، ١٤ تشرين الأول ١٩٩٩م.
- اعادة انتخاب الأخ مسعود البارزاني رئیسا للحزب والأخ علي عبدالله نائبا للرئیس، جریدة خهبات، لسان حال الحزب الدیمقراطي الكوردستاني، العدد ٩٤٦، اربیل، الجمعة، ١٥ تشرین الأول ١٩٩٩م.
- شعبان علي شعبان، بعض المعلومات السياسية والتاريخية، الطبعة الثالثة، (أربيل - مطبعة روجهلات - ٢٠١٣م).
- البرنامج والنظام الداخلي للحزب الديمقراطي الكوردستاني، تقرر في المؤتمر الثاني عشر للحزب الذي عقد في ٦-١٤/١٠/١٩٩، (أربيل - مطبعة روجهلات).
- انتخاب لجنة مركزیة جدیدة مؤلفة من ٣١ عضوا و ٩ اعضاء أحتیاط، جریدة خهبات، لسان حال الحزب الدیمقراطي الكوردستاني، العدد ٩٤٦، اربیل، الجمعة، ١٥ تشرین الأول ١٩٩٩م.
- المؤتمر ١٢ للحزب الديمقراطي الكوردستاني ينتخب لجنة مركزية جديدة، جريدة برايتي، لسان حال الحزب الديمقراطي الكوردستاني، العدد ٢٩٤٨، أربيل، الأحد، ١٧ تشرين الأول ١٩٩٩م.
- في المؤتمر (١٢) لـ (الحزب الديمقراطي الكوردستاني)، جريدة إيفاره گولان، مؤسسة گولان للثقافة والإعلام، العدد ٤٨٧، أربيل، السبت، ١٦ تشرين الأول ١٩٩٩م، ص ١؛ انتخاب لجنة مركزیة جدیدة مؤلفة من ٣١ عضوا و٩ أعضاء أحتیاط، المصدر السابق.
- توزیع أوسمة البارزاني، جریدة خهبات، لسان حال الحزب الدیمقراطي الكوردستاني، العدد ٩٤٦، أربیل، الجمعة، ١٥ تشرین الأول ١٩٩٩م.