6 Ekim 1993 tarihinde ölümsüzlerin, Başkan Mustafa Barzani ve İdris Barzani cenazeleri İran'dan Güney Kürdistan'a geri getirildi, 1994 yılının Mayıs ayında Kürdistan Demokrat Partisi ile Kürdistan Yurtseverler Birliği arasında dört yıl süren ve Kürdistan Bölgesi'nin iki taraf arasında bölünmesine yol açan iç savaş patlak verdi ve daha sonra 17 Eylül 1998 tarihinde Washington Anlaşması'ndan sonra sona erdi. Bu süre zarfında Kürdistan Bölgesi Parlamentosu ve Hükümeti, KDP ve Güney Kürdistan'daki diğer bazı siyasi taraflar tarafından Erbil'de kuruldu, yine bu süre zarfında çok sayıda mülteci İran'dan Güney Kürdistan'a geri döndü.
On Birinci Kongre'nin üzerinden altı yıl geçtikten sonra, Kürdistan Demokrat Partisi Merkez Komitesi'nin 13 Mart 1999 tarihli toplantısında partinin 12. Kongresi'nin düzenlenmesine karar verildi, bu amaçla 14 Nisan 1999 tarihinde Merkez Komite'nin bir başka toplantısında, KDP Siyasi Bürosu'na kongre hazırlık üst komitesini oluşturma görevi verildi ve Siyasi Büro, 1999 Mayıs tarihli toplantısında kongre hazırlık üst komitesini oluşturdu, bu komite şunlardan oluşuyordu: Felekedin Kakayi -Komite Başkanı, Doktor Muhammed Salih Cuma -Komite Başkan Yardımcısı, Şeyhela İbrahim, Temer Remezan, Necmeddin Yusufi ve Öğretmen Hasan.
Kuruluşun ardından, Kongre Hazırlık Üst Komitesi tarafından, kırk bir gün süren ve 4 Haziran 1999 tarihinden 15 Temmuz 1999 tarihine kadar, 96 seçim bölgesinde ve 226 merkezde, 180 bin KDP seçmeninin katıldığı ve kongre temsilcilerinin seçildiği kongre temsilcilerini seçme süreci gerçekleştirildi.
Kongrenin yapılması6 Ekim 1999 Çarşamba günü, Kürdistan Demokrat Partisi On İkinci Kongresi, Erbil şehrindeki Sarı Salon'da (Barış, Özgürlük, Demokrasi) sloganıyla, %8 kadından oluşan 1473 temsilcinin katılımıyla gerçekleştirildi. Bu kongrede, kongre temsilcilerinin tamamı tarafından dördüncü kez Mesut Barzani Kürdistan Demokrat Partisi Başkanı olarak yeniden seçildi ve Başkan'ın önerisi üzerine, Ali Abdullah Emin Başkan Yardımcısı olarak yeniden seçildi. Ayrıca bir kez daha, partinin adı Kürdistan Demokrat Partisi - Birleşik'ten Onuncu Kongre'de olduğu gibi Kürdistan Demokrat Partisi'ne dönüştürüldü. Ayrıca en önemlisi parti ve askeri kurumlarda değişiklik yapılması olan bir dizi karar alındı, ayrıca Merkez Komite 37 üyeden 31 asil ve 9 yedek üyeye çıkarıldı ve Siyasi Büro gizli oylama ile 9 üyeden seçildi.
Kürdistan Demokrat Partisi'nin yapısı, On İkinci Kongre iç tüzüğüne dayanarak, hücre, ana hücre, örgüt komitesi, bölge komitesi, şube komitesi, merkez komite, siyasi büro, siyasi büro sekreteri, başkan yardımcısı ve başkandan oluşuyordu, ayrıca merkezi denetim ve teftiş kurulu merkez komite tarafından belirlendi ve siyasi büronun bir üyesi tarafından denetleniyordu.
Merkez Komite üyeleri:
- Neçirvan Barzani
- Mesrur Barzani
- Fazıl Mirani
- Doktor Roj Nuri Şawes
- Hoşyar Mahmud Muhammed Faris
- Sami Abdurrahman
- Azad Berwari
- Cewher Namık Salim
- Zeim Ali
- Şevket Şeyh Yezdin
- Muhammed Mela Kadir
- Doktor Kemal Kerküki
- Doktor Cercis Hasan
- Kerim Şingali
- Nuri Ali Muhammed Rahman, bilinen adıyla Nuri Heme Ali
- Arif Teyfur
- Saad Abdullah
- Franso Heriri
- Fereydun Muhammed Abdurrahman, bilinen adıyla Fereydun Ciwanroyi
- Selâh Delo
- Remzi Şaban
- Ömer Botani
- Şirin Amidi
- Cemal Osman Karasul, bilinen adıyla Cemal Murtke
- Serbaz Nadir Ali, bilinen adıyla Serbaz Hewrami
- Ömer Osman Mirgesori
- Brusk Nuri Şawes
- Sefin Muhsin Hemedemin, bilinen adıyla Sefin Dizayi
- Kadir Kadir
- İzzettin Berwari
- Yunus Rojbeyani
Merkez Komite yedek üyeleri:
- Abdulaziz Tayyip
- Mahmud Muhammed
- Mesud Salayi
- Abdulmuheymen Barzani
- Cafer İbrahim Hacı, Cafer Eminki olarak bilinir
- Abdullah Agirin
- Diyari Hüseyin
- Kadir Cebari
- Doktor Hasan Muhammed Sure Muhammed
Kongrenin son gününde ve Kürdistan Demokrat Partisi tarihinde üçüncü kez, Ölümsüz Barzani madalyası Başkan Mesud Barzani tarafından 37 kişiye, Barzani'nin liderleri, komutanları ve yoldaşlarına verildi.
Merkez Komite'nin ilk toplantısında, Siyasi Büro üyeleri şu şekilde seçildi:
- Neçirvan Barzani
- Mesrur Barzani
- Hoşyar Zebari
- Cevher Namık Salim
- Fazıl Mirani
- Sami Abdurrahman
- Azad Berwari
- Doktor Roj Nuri Şaveys
- Zaim Ali
- Kürdistan Demokrat Partisi Tarihi, Kongre ve Konferanslar (Program ve İç Tüzük), Kürdistan Demokrat Partisi Ansiklopedisi Kurulu, Cilt İki, (Erbil - Roxana Matbaası - 2021).
- Muhammed Mela Kadir, Habername, Parti ve Ölümsüz Barzani'nin Kısa Tarihi, Üçüncü Baskı, (Erbil - Aras Matbaası - 2012).
- Kongrenin yerel seçimlerinin dün sona ermesi (12), Xebat Gazetesi, Kürdistan Demokrat Partisi'nin yayın organı, Sayı 932, Erbil, Cuma, 9 Temmuz 1999.
- Kürdistan Demokrat Partisi'nin On İkinci Kongresi başarılı olsun, Brayeti Gazetesi, Kürdistan Demokrat Partisi'nin organı, Sayı 2939, Erbil, Çarşamba, 6 Ekim 1999.
- Sayın Mesud Barzani oy birliğiyle tekrar Kürdistan Demokrat Partisi Başkanı seçildi, Brayeti Gazetesi, Kürdistan Demokrat Partisi'nin organı, Sayı 2947, Erbil, Perşembe, 14 Ekim 1999.
- Kardeş Mesud Barzani'nin tekrar parti başkanı ve kardeş Ali Abdullah'ın başkan yardımcısı olarak seçilmesi, Xebat Gazetesi, Kürdistan Demokrat Partisi'nin yayın organı, Sayı 946, Erbil, Cuma, 15 Ekim 1999.
- Şaban Ali Şaban, Bazı Siyasi ve Tarihi Bilgiler, Üçüncü Baskı, (Erbil - Rojhilat Matbaası - 2013).
- Kürdistan Demokrat Partisi Programı ve İç Tüzüğü, Partinin 6-14/10/199 tarihlerinde yapılan on ikinci kongresinde kararlaştırılmıştır, (Erbil - Rojhilat Matbaası).
- 31 üye ve 9 yedek üyeden oluşan yeni bir Merkez Komite seçimi, Xebat Gazetesi, Kürdistan Demokrat Partisi'nin yayın organı, Sayı 946, Erbil, Cuma, 15 Ekim 1999.
- Kürdistan Demokrat Partisi'nin 12. Kongresi yeni Merkez Komitesini seçti, Brayeti Gazetesi, Kürdistan Demokrat Partisi'nin organı, Sayı 2948, Erbil, Pazar, 17 Ekim 1999.
- (K.D.P.)'nin (12) Kongresinde, İware Gulan Gazetesi, Gulan Kültür ve Medya Kurumu, Sayı 487, Erbil, Cumartesi, 16 Ekim 1999, s. 1; 31 üye ve 9 yedek üyeden oluşan yeni bir Merkez Komite seçimi, önceki kaynak.
- Barzani madalyalarının dağıtımı, Xebat Gazetesi, Kürdistan Demokrat Partisi'nin yayın organı, Sayı 946, Erbil, Cuma, 15 Ekim 1999.