در ١٠ ژوئن ١٩٦٣ حمله به کردستان دوباره آغاز شد و رژیم هرگونه نیروی مسلح داشت به میدان‌های جنگ گسیل کرد، در این حملات رژیم از نیروهای منطقه‌ای نیز کمک گرفت، نیروی هوایی ترکیه و ایران که عضو (پیمان سنتو) بودند، اجازه یافتند مرزهای عراق را نقض کرده و پایگاه‌های پیشمرگه را بمباران کنند، ارتش سوریه نیز از طریق زمینی وارد خاک عراق شد و در مناطق بادینان به ارتش عراق کمک کرد، نیروهای بین‌المللی مانند اتحاد جماهیر شوروی و بریتانیا نیز به نوبه خود شروع به کمک به ارتش عراق کردند.
لشکر کردستان به منظور دفاع و مقاومت از خود، چندین جبهه جنگی گشود و در برابر حملات ایستادگی کرد، در آن مدت از طرف رئیس مصطفی بارزانی چندین پیام برای دفتر سیاسی حزب ارسال شد و از ابراهیم احمد، دبیر حزب و دفتر سیاسی درخواست شد که خودشان چندین حمله در مناطق تحت کنترل خود علیه ارتش انجام دهند، اما دفتر سیاسی و به‌ویژه ابراهیم احمد، به درخواست‌های آن‌ها پاسخ ندادند، حتی مانع آن فرماندهانی شدند که بدون اجازه آن‌ها به نیروهای دولتی حمله می‌کردند، این رفتارها باعث شد سردی میان رئیس مصطفی بارزانی و ابراهیم احمد ایجاد شود.
در ١٨ نوامبر ١٩٦٣ حکومت بعث توسط ارتش کودتا شد و سقوط کرد، پس از کودتا، عبدالسلام عارف قدرت را به دست گرفت و مستقیماً درخواست مذاکره با رهبری انقلاب کرد، در ماه دسامبر ١٩٦٣ پس از مشورت رئیس بارزانی با دفتر سیاسی، مذاکرات آغاز شد و سرهنگ عبدالرزاق محمود فرماندار سلیمانیه به عنوان نماینده دولت به شهر رانیه آمد و با رئیس مصطفی بارزانی، جلال طالبانی و نوری شاویس اعضای دفتر سیاسی دیدار کرد و گفت‌وگوها منجر به توافق‌نامه بین دو طرف شد و بیانیه توافق در ١٠ فوریه ١٩٦٤ توسط دولت اعلام شد که در آن آمده بود "دولت حقوق ملی کردها را به رسمیت می‌شناسد".
در ١٧ فوریه ١٩٦٤ ابراهیم احمد، سید عزیز شمزینی و عمر مصطفی دبابه به سنگه‌سر آمدند و با رئیس بارزانی دیدار کردند، نتیجه نشست موافقت همگان با توافق ١٠ فوریه بود. پس از یک هفته ماندن در سنگه‌سر، ابراهیم احمد و همراهانش به ماوت بازگشتند، در آنجا دوباره شروع به دشمنی‌های خود کردند، این امر باعث شد تعداد زیادی از فرماندهان و پیشمرگه‌ها ماوت را ترک کرده و نزد رئیس بارزانی در سنگه‌سر بروند و نقشه دفتر سیاسی را برای رئیس بارزانی افشا کنند. پس از آمدن فرماندهان پیشمرگه، رئیس مصطفی بارزانی نشستی با آن‌ها برگزار کرد و پس از مشورت، تصمیم گرفت تمام فرماندهانی را که از دفتر سیاسی پیروی کرده بودند برکنار کند و به جای آن‌ها فرماندهان دیگری بگمارد که مورد اعتماد باشند. فرماندهان برکنار شده عبارت بودند از جلال طالبانی، عمر مصطفی دبابه، علی عسکری و کمال مفتی، در مقابل ابراهیم احمد و دفتر سیاسی در ٩ آوریل ١٩٦٤ کنفرانس ماوت را برگزار کردند و تصمیم تعلیق مصطفی بارزانی را از ریاست حزب صادر کردند.
به دلیل تصمیم تعلیق رئیس مصطفی بارزانی، نیروهای پیشمرگه به دو جبهه تقسیم شدند، کمیته عالی نظارت و بازرسی نیز برای حفظ وحدت حزب دموکرات کردستان پیشنهاد برگزاری ششمین کنگره را دادند. برای این منظور به ماوت- مقر دفتر سیاسی و سنگه‌سر- مقر رئیس رفتند، در نتیجه رئیس مصطفی بارزانی با برگزاری کنگره موافقت کرد، اما دفتر سیاسی با برگزاری کنگره موافق نبود.
برگزاری کنگرهکنگره از ١ تا ٧ ژوئیه ١٩٦٤، در شهرک قلادزه با حضور ٦٣٩ نماینده برگزار شد، از همان آغاز شروع کنگره در ١ ژوئیه با تصمیم رئیس مصطفی بارزانی، هیئتی دوازده نفره از نمایندگان کنگره، که متشکل بودند از اسماعیل ملا عزیز، علی هژار، مجید اتروشی، احمد اتروشی، فاتیح محمد امین، جلال محمود بیگ شوانی، ...و غیره، به ماوت رفتند تا گروه نشست ماوت آماده کنگره باشند و مشکلات خود را در کنگره مطرح کنند، اما آن‌ها حاضر نشدند در کنگره شرکت کنند. هرچند کنگره چند روز به تعویق افتاد، اما کار خود را آغاز کرد و چندین تصمیم گرفت که مهم‌ترین آن‌ها تشکیل شورای رهبری انقلاب، رد تصمیمات کنفرانس ماوت و اخراج چهارده عضو از مجموع اعضای رهبری از صفوف حزب دموکرات کردستان بود، که عبارت بودند از ابراهیم احمد، نوری شاویس، عمر مصطفی دبابه، سید عزیز شمزینی، جلال طالبانی، علی حمدی، عبدالرحمن زبیحی، علی عسکری، احمد عبدالله، حیلمی علی شریف، محمد حاجی طاهر، ملا عبدالله اسماعیل (ملا ماتور)، نوری احمد طه و علی عبدالله.
رئیس مصطفی بارزانی به اتفاق آرا به عنوان رئیس حزب انتخاب شد و کمیته مرکزی جدید حزب نیز انتخاب شدند، از جمله چهارده نفر توسط نمایندگان کنگره مستقیماً انتخاب شدند، سه نفر نیز توسط رئیس برای عضویت در رهبری نامزد شدند که عبارت بودند از مصطفی قره‌داغی، محمد امین محمد علی و عمر شریف. نمایندگان کنگره رئیس را در انتخاب آن اعضا صاحب اختیار کرده بودند.
کمیته مرکزی جدید متشکل بود از:
- مصطفی بارزانی، رئیس
- حبیب محمد کریم، دبیر
- دکتر محمود عثمان
- صالح یوسفی
- عزیز آکره‌یی
- دکتر فواد جلال
- یدالله فیلی
- علی شنگالی
- نعمان عیسی شریف
- اسماعیل عارف
- هاشم آکره‌یی
- اسماعیل ملا عزیز
- شیخ محمد هرسی
- مصطفی قره‌داغی
- محمد امین محمد علی
- عمر شریف
- رمضان آکره‌یی
- فاتیح محمد امین.
سپس کمیته مرکزی به ریاست مصطفی بارزانی اعضای دفتر سیاسی و دبیر را انتخاب کردند که عبارت بودند از حبیب محمد کریم، دبیر، دکتر محمود عثمان، مصطفی قره‌داغی، اسماعیل عارف و هاشم آکره‌یی. کمیته عالی نظارت و بازرسی مستقیماً توسط نمایندگان کنگره انتخاب شدند که عبارت بودند از شوکت حاجی علی، فارس کوره مارکی، محمد ملا قادر، صبری بوتانی، ملا صالح حاجی و ملا حیدر محمد حسین.
همچنین کنگره رهبری جدیدی انتخاب کرد و برنامه و آیین‌نامه داخلی را تصویب نمود.
منابع:- مسعود بارزانی، بارزانی و جنبش آزادی‌خواهی کرد، ١٩٥٨-١٩٦١، جلد دوم، (٢٠١٢).
- صلاح الخرسان، التیارات السیاسیة في كردستان العراق، قراءة في ملفات الحركات و الأحزاب الكردیة في العراق ١٩٤٦-٢٠٠١، (بیروت – مطبعة البلاغ – ٢٠٠١م).
- حبیب محمد كریم، تأریخ الحزب الدیمقراطي الكوردستاني ـ العراق (في محطات رئیسیة) ١٩٤٦ ـ ١٩٩٣، (دهوك ـ مطبعة خه‌بات ـ ١٩٩٨م).
- نزار خه‌یلانی، اسعد خیلانی دفتر خاطراتش را باز می‌کند، (اربیل ـ انتشارات بدرخان ـ چاپخانه هیوی ـ ٢٠١٤ز).
- عبدالستار طاهر شریف، مبارزه با زندگی یادداشت ١٩٧١ ـ ١٩٣٥، جلد اول، (کرکوک ـ چاپخانه آرابخا ـ ٢٠٠٥ز).
- حسین محمد عزیز، پنج ساعت با (ابراهیم احمد)، (سلیمانیه ـ چاپخانه سیما ـ چاپ سوم ـ ٢٠٠٢ز).
- شكیب عقراوي، سنوات المحنة في كوردستان اهم الحوادث السیاسیة و العسكریة في كوردستان و العراق من ١٩٥٨ الی ١٩٨٠، الطبعة الثانیة، (اربیل ـ مطبعة منارة ـ ٢٠٠٧م).
- علي سنجاري، القضیة الكوردیة وحزب البعث العربي الاشتراكي في العراق، الجزء الثالث، (دهوك ـ مطبعة خاني ـ ٢٠١٢م).
- تاریخ حزب دموکرات کردستان، کنگره و کنفرانس (برنامه و آیین‌نامه داخلی)، جلد اول و دوم، (اربیل- چاپخانه روژهه لات- ٢٠٢١).